Relais du pouvoir au niveau départemental, la préfecture est un haut lieu de la collaboration avec le gouvernement de Vichy du Maréchal Pétain entre 1940 et 1944. Elle est d’abord occupée par les Italiens entre novembre 1942 et septembre 1943, puis par les Allemands à partir de l’automne 1943. Mais la préfecture de Haute-Savoie est aussi un lieu de Résistance grâce à différentes personnalités. On y retrouve notamment Pierre Lamy, inspecteur du Travail, contact important pour la Résistance, en poste à la préfecture qui sera arrêté et assassiné en juillet 1944. D’autres fonctionnaires de la préfecture, à différents postes, sont également engagés dans des actions pour aider la Résistance grâce à l’organisation NAP (Noyautage de l’Administration Publique) en lien direct avec le mouvement Combat. C’est le cas de René Terpent ou encore d’Adélaïde Brunier, tous les deux, interlocuteurs importants des Résistants à l’intérieur de la préfecture, leur fournissant faux papiers, cartes d’alimentation ainsi que des informations, apportant leur aide pour faciliter les passages en Suisse des personnes réfugiées dans la région. Ils prennent appui sur des personnes précieuses dans les services de la préfecture comme Jeanne Brousse. D’autres acteurs locaux, à l’instar de l’abbé Folliet, tissent des liens étroits avec certains membres de la préfecture pour obtenir des faux-papiers destinés aux Résistants passés dans la clandestinité, souvent recherchés, afin également de faciliter le passage vers la Suisse. Enfin, la préfecture de la Haute-Savoie est aussi le lieu où se prépare l’après-guerre, avec l’installation du Comité de Libération Départemental (CDL) dès le 19 août 1944, jour de la Libération d’Annecy.